1 目标导向原则
组织结构设计是为了满足特定时期企业资源的有效配置。业务重点不同、企业掌握的资源不同、竞争环境不同、发展阶段不同、人员素质不同，对组织结构的要求都有所不同。所以，组织结构设计首先要分析当前企业所面临的各种环境，明确企业当期目标，把战略目标实现作为组织职能分工的考虑原则。
例如，扩张期的企业，组织结构重点会在销售部门进行调整，采取扁平化的管理方式，满足对市场信息的灵活反馈，可能组建区域销售部门应对市场变化。
企业的整体经营活动是需要多种专业来配合完成的，组织结构的设计需要把各种专业有效整合到一块，按照专业、职能进行划分是一个浅显易懂的基本原则，显而易见的是按照工作的专业性进行分类对于工作的有效开展最为有利，不需赘述。
企业有大小之分，业务有类别之分，组织结构的设计既需要考虑企业规模的大小，也需要考虑业务的共享性和业务协调效率问题，组织结构设计最重要的原则之一就是根据工作内容、工作量的安排设计管理幅度，提升协调效率，管理幅度不匹配往往导致事倍功半，适合的管理幅度能够实现高效的组织效率。
一个正常的组织，在专业分工和决策效率、决策效果、决策风险控制等几个方面应该发挥作用。组织结构设计除了需要考虑业务性质、专业化分工、管理幅度等因素外，组织内部的决策层级也是一个重要的考虑因素。决策汇报层级、决策链条长度决定了决策的效率，组织结构设计需要根据企业特点，对组织中不同层级的人员的权责进行明确划分，提升决策效率。
高效的组织运行，既需要存在等级制的决策沟通，也需要存在横向的决策协调。很多企业效率低下的原因就是横向沟通不畅，仅仅依靠等级制度的冗长决策流程，导致基层员工经常处于待命状态无法及时做出行动。所以组织结构设计，除了在决策权限方面的划分，在横向的协调方面也需要通过制度、流程明确组织的横向联系，从而使组织反应迅速。
从理论来讲，企业组织设置合理、流程高效、人岗匹配是一种理想状态，但是现实中人的因素千差万别，既存在员工流动、能力差异、历史因素等问题，也存在文化背景、情感因素、信任度等问题，很难达到理想状态。
所以，还需要用权变的思想考虑组织结构设计。因人设岗、因人设权、因人调整组织结构的情况也时常发生，组织结构设计在一个相对稳定的环境下，从人的特点角度考虑组织变革也是非常有必要考虑的。
